Projekta nosaukums: „Molekulārie RNS faktori hipofīzes adenomas attīstībā”
Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma “Praktiskas ievirzes pētījumi” 2. kārtas ietvaros.
Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/18/A/089
Projekta izpildes termiņš: 2019. gada 1. aprīlis – 2022. gada 31. marts
Projekta kopējais finansējums: 648 648 EUR
Projekta zinātniskā vadītāja: Dr. biol. Vita Rovīte
Sadarbības partneris: SIA “GenEra”
Projekta kopsavilkums:
Projekta zinātniskais mērķis ir pētīt dažādu ribonukleīnskābju (RNS) marķieru spektra nozīmi hipofīzes adenomas (HA) attīstībā, lai atklātu noteicošos faktorus, kas ietekmē atbildi uz terapiju un slimības iznākumu.
Galvenās projekta aktivitātes rezultāta sasniegšanai ir: 1) identificēt un analizēt molekulāros RNS faktorus primārajos HA audos ar masīvo paralēlo sekvenēšanu (MPS), 2) pētīt RNS veidus primārajā brīvi peldošos sfēru un mezenhimālo šūnu kultūrās, kas iegūtas no HA audiem, lai raksturotu audzēja atvasinātos RNS profilus, 3) noteikt izmaiņas kodējošajā un nekodējošajā RNS brīvi peldošo sfēru modelī pēc apstrādes ar HA ārstniecībā izmantotajiem medikamentiem, 4) validēt atklātos marķierus HA pacientu plazmā un neatkarīgā paraugkopā, 5) funkcionāli raksturot atklātos RNS kandidātus GH3 šūnās.
Projekta rezultāti pētīs molekulāros RNS faktorus vairākos funkcionālajos līmeņos no HA iegūtajos bioloģiskajos materiālos un modeļos: (1) potenciālie marķieri, kas atklāti audos un validēti plazmā un/vai audos var kalpot slimības iznākuma prognozēšanai, agresivitātes raksturošanai un neinvazīvai diagnostikai, (2) brīvi peldošo sfēru un mezenhimālo šūnu izpēte palīdzēs novērtēt sfēras, kā izolētu HA audzēja atvasinātu šūnu modeli, noteikt to RNS profilu un raksturot HA terapijas ietekmi šajā sistēmā, (3) atklāto RNS kandidātu ietekmes izpēte GH3 šūnās funkcionāli raksturos šūnas mehānismus, ko šie faktori ietekmē HA attīstībā.
Informācija publicēta 01.04.2019.
Projekta progress:
2019. gada 1. aprīlis – 2019. gada 30. jūnijs
Uzsākta pētījuma specifiskās paraugu un saistīto datu datubāzes veidošana, apkopoti dati par operāciju audu materiāliem, veikta pacientu fenotipiskās informācijas apkopošana, kārtošana un kvalitātes kontrole. Izdalīts DNS un RNS no jaunievāktajiem paraugiem, tiem veikta kvalitātes kontrole, veidots paraugu saraksts RNS sekvencēšanas eksperimentiem. Jauniegūtajiem hipofīzes adenomu paraugiem iegūtas primārās mezenhimālo šūnu un sfēru kultūras un ievākti šūnu līniju atvasinātie RNS materiāli, turpmāko pētījuma aktivitāšu īstenošanai.
Informācija publicēta 28.06.2019.
Projekta progress:
2019. gada 1. jūlijs – 2019. gada 30. septembris
Turpināta pētījuma specifiskās paraugu un saistīto datu datubāzes veidošana, apkopoti dati par jaunākajiem operāciju audu materiāliem, veikta pacientu fenotipiskās informācijas apkopošana, kārtošana un kvalitātes kontrole. Izdalīts DNS un RNS no jaunievāktajiem paraugiem un veikta kvalitātes kontrole, veikti pirmie RNS sekvencēšanas eksperimentiem. Jauniegūtajiem hipofīzes adenomu paraugiem iegūtas primārās mezenhimālo šūnu un sfēru kultūras, kas inkubētas oktreotīda un kabergolīna šķīdumos, ievākti šūnu līniju atvasinātie RNS materiāli, turpmāko pētījuma aktivitāšu īstenošanai.
Informācija publicēta 30.09.2019.
Projekta progress:
2019. gada 1. oktobris – 2019. gada 31. decembris
Turpināta pētījumu paraugu un saistīto datu datubāzes papildināšana, šajā pārskata periodā iegūti pieci jauni hipofīzes adenomu audu materiāli, no vienas katras audzēja daļas izdalīts DNS un RNS un atlikušais materiāls lietots primāro mezenhimālo šūnu un sfēru kultūru iegūšanai, kas inkubētas oktreotīda un kabergolīna šķīdumos, turpmāko pētījuma aktivitāšu īstenošanai. Turpināta RNS nākamās paaudzes sekvencēšanas bibliotēku sagatavošana, kvalitātes kontrole un sekvencēšana.
Informācija publicēta 30.12.2019.
Projekta progress:
2020. gada 1. janvāris – 2020. gada 31. marts
Turpināta pētījumu paraugu un saistīto datu datubāzes papildināšana, šajā pārskata periodā iegūti divi jauni hipofīzes adenomu audu materiāli, no vienas katras audzēja daļas izdalīts DNS un RNS un atlikušais materiāls lietots primāro mezenhimālo šūnu un sfēru kultūru iegūšanai, kas inkubētas oktreotīda un kabergolīna šķīdumos, turpmāko pētījuma aktivitāšu īstenošanai. Turpināta RNS nākamās paaudzes sekvencēšanas bibliotēku sagatavošana, kvalitātes kontrole un sekvencēšana. Optimizēts datu analīzes protokols mazo nekodējoši RNS datu apstrādei.
Informācija publicēta 31.03.2020.
Projekta progress:
2020. gada 1. aprīlis – 2020. gada 30. jūnijs
Turpināta pētījumu paraugu un saistīto datu datubāzes papildināšana, šajā pārskata periodā iegūti trīs jauni hipofīzes adenomu audu materiāli, no vienas katras audzēja daļas izdalīts DNS un RNS un atlikušais materiāls lietots primāro mezenhimālo šūnu un sfēru kultūru iegūšanai, kas inkubētas oktreotīda un kabergolīna šķīdumos, turpmāko pētījuma aktivitāšu īstenošanai. Turpināta gan transkriptomu, gan mazo nekodējošo RNS nākamās paaudzes sekvencēšanas bibliotēku sagatavošana, kvalitātes kontrole un sekvencēšana. Uzsākta primējā datu bioinformātiskā analīze.
Informācija publicēta 30.06.2020.
Projekta progress:
2020. gada 1. jūlijs – 2020. gada 30. septembris
Turpināta pētījumu paraugu un saistīto datu datubāzes papildināšana, šajā pārskata periodā iegūti divi jauni hipofīzes adenomu audu materiāli, no vienas katras audzēja daļas izdalīts DNS un RNS un atlikušais materiāls lietots primāro mezenhimālo šūnu un sfēru kultūru iegūšanai, kas inkubētas oktreotīda un kabergolīna šķīdumos, turpmāko pētījuma aktivitāšu īstenošanai. Turpināta gan transkriptomu, gan mazo nekodējošo RNS nākamās paaudzes sekvencēšanas bibliotēku sagatavošana, kvalitātes kontrole un sekvencēšana. Turpināta datu bioinformātiskā analīze gan transkriptomam, gan mazo nekodējošo RNS datiem.
Informācija publicēta 30.09.2020.
Projekta progress:
2020. gada 1. oktobris – 2020. gada 31. decembris
Turpināta pētījumu paraugu un saistīto datu datubāzes papildināšana, šajā pārskata periodā iegūti trīs jauni hipofīzes adenomu audu materiāli, no vienas katras audzēja daļas izdalīts DNS un RNS un atlikušais materiāls lietots primāro mezenhimālo šūnu un sfēru kultūru iegūšanai, kas inkubētas oktreotīda un kabergolīna šķīdumos, turpmāko pētījuma aktivitāšu īstenošanai. Turpināta mazo nekodējošo RNS nākamās paaudzes sekvencēšanas bibliotēku sagatavošana, kvalitātes kontrole un sekvencēšana. Veikta transkriptoma sekvencēšanas no sfēru kultūrām optimizācija, pabeigta transkriptomu sekvencēšana no primārajiem audiem un tiek veikta iegūto datu bioinformātiskā analīze. Uzsākti funkcionālie eksperimenti iegūto molekulāro datu apstiprināšanai šūnu līnijās.
Informācija publicēta 30.12.2020.
Projekta progress:
2021. gada 1. janvāris – 2021. gada 31. marts
Turpināta pētījumu paraugu un saistīto datu datubāzes papildināšana, šajā pārskata periodā iegūts viens hipofīzes adenomu audu materiāls un apstrādāts pētījuma vajadzībām. Pašlaik tiek veikta detalizēta sekvencēšanas datu analīze bioinformātiskā analīze vairākos pētniecības segmentos ( audzēju un šūnu kultūru transkriptoma, mazo nekodējošo miRNS). Turpināta miRNS marķieru validācija neatkarīgā paraugkopā un turpināti funkcionālie eksperimenti iegūto molekulāro mehānismu detalizētai raksturošanai šūnu līnijās.
Informācija publicēta 31.03.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. aprīlis – 2021. gada 30. jūnijs
Turpināta pētījumu paraugu un saistīto datu datubāzes papildināšana, šajā pārskata periodā iegūti divi hipofīzes adenomu audu paraugi, no kuriem izdalītas nukleīnskābes un atlikušais audu materiāls izmantots šūnu kultūru iegūšanai. Tiek turpināta detalizēta sekvencēšanas datu bioinformātiskā analīze audzēju un šūnu kultūru transkriptomam, kā arī mazo nekodējošo miRNS. Turpināta miRNS marķieru validācija neatkarīgā paraugkopā un turpināti funkcionālie eksperimenti iegūto molekulāro mehānismu detalizētai raksturošanai šūnu līnijās.
Informācija publicēta 30.06.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. jūlijs – 2021. gada 30. septembris
Turpināta pētījumu paraugu un saistīto datu datubāzes papildināšana. Šajā periodā ir pabeigta detalizēta sekvencēšanas datu bioinformātiskā analīze audzēju un šūnu kultūru transkriptomam, kā arī mazo nekodējošo miRNS. Pašlaik, tiek veikta detalizēta iegūto sekvencēšanas rezultātu interpretācija un uzsākta datu sagatavošana publikāciju rakstīšanai. Turpināta miRNS marķieru validācija neatkarīgā paraugkopā un turpināti funkcionālie eksperimenti iegūto molekulāro mehānismu detalizētai raksturošanai šūnu līnijās.
Informācija publicēta 30.09.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. oktobris – 2021. gada 31. decembris
Pabeigta pētījumu paraugu un saistīto datu datubāzes papildināšana. Tiek veikta detalizēta iegūto sekvencēšanas rezultātu interpretācija audzēju un šūnu kultūru transkriptomam, kā arī mazo nekodējošo miRNS rezultātiem, turpināta datu sagatavošana publikācijas rakstīšanai. Turpināta miRNS marķieru validācija neatkarīgā paraugkopā un turpināti funkcionālie eksperimenti iegūto molekulāro mehānismu detalizētai raksturošanai šūnu līnijās.
Informācija publicēta 30.12.2021.
Projekta progress:
2022. gada 1. janvāris – 2022. gada 31. marts
Pabeigta detalizēta iegūto sekvencēšanas rezultātu interpretācija audzēju un šūnu kultūru transkriptomam, kā arī mazo nekodējošo miRNS rezultātiem, sagatavotas un iesniegtas divas publikācijas. Turpināta miRNS marķieru validācija neatkarīgā paraugkopā un turpināti funkcionālie eksperimenti iegūto molekulāro mehānismu detalizētai raksturošanai šūnu līnijās. Apkopoti projektā iegūtie dati, apkopoti eksperimentālie dati projekta specifiskajās datubāzēs un sagatavota noslēguma atskaite projektam.
Informācija publicēta 31.03.2022.