Projekta nosaukums: „Retu nezināmas izcelsmes neiromuskulāro slimību funkcionālā un ģenētiskā izpēte”

Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma “Praktiskas ievirzes pētījumi” 2. kārtas ietvaros.

Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/18/A/097

Projekta izpildes termiņš: 2019. gada 1. aprīlis – 2022. gada 31. marts

Projekta kopējais finansējums: 648 648 EUR

Projekta zinātniskā vadītāja: Dr. biol. Inna Iņaškina

Sadarbības partneris: SIA Latvia MGI Tech

Projekta kopsavilkums:

Projekta vispārīgais mērķis ir uzlabot sabiedrības veselību, uzlabojot zināšanas par retās neiromuskulārās slimības (NMS) izraisošajiem ģenētiskajiem mehānismiem, un uzlabojot to diagnostiku. Projekta specifiskais mērķis ir veltīts diviem aspektiem – 1) labāk izprast un raksturot nesen atklāto mutanto MYBPC1 proteīnu, tā mijiedarbību ar citiem šūnu partneriem un iesaistīšanos molekulārajos mehānismos, kas ir jauna slimības fenotipa pamatā, un 2) identificēt jaunus ģenētiskos elementus (gēnus, starpgēnu rajonus vai hromosomu pārkārtošanās), kas ir reto neidentificēto NMS izraisošie faktori.

Mērķa sasniegšanai plānotie atbalsta pasākumi ir pētniecība, funkcionāla dzīvnieku modeļa izstrāde, ar pētniecības rezultātu publiskās pieejamības nodrošināšanu publikāciju veidā, kā arī pacientu pilna genoma analīžu datu pieejamību turpmākiem pētījumiem (anonimizētā formā).

Projekta specifiskā mērķa sasniegšanai ir paredzētas aktivitātes, kas vērstas uz cilvēka MYBPC1 gēna mutācijām atbilstošu peļu modeļu izveidi un vispusēju raksturošanu; pacientu audu paraugu, kā arī knockin peļu dažādu audu paraugu transkriptomu analīzi; pacientu ar retām, neidentificētām NMS atlasi un iesaistīšanu projektā; pilna genoma sekvencēšanas analīzi, ar mērķi identificēt jaunus slimību izraisošus ģenētiskos elementus.

Informācija publicēta 01.04.2019.

Projekta progress:

2019. gada 1. aprīlis – 2019. gada 30 jūnijs

Projekta ietvaros turpinājās mutantā MYBPC1 proteīna peļu modeļa analīze sadarbībā ar Dr. A. Kontrogianni grupu (Merilendas Universitātes Medicīnas skola), iegūtie dati tika prezentēti Eiropas Cilvēka ģenētikas asociācijas konferencē, kas norisinājās jūnijā Gēteborgā, Zviedrijā. Paralēli tam, tiek gatavota iepirkumu procedūra jauna peļu modeļa izveidei. Projekta ietvaros tika uzsākta pacientu, kas cieš no pārmantotajām neiromuskulārajām slimībām un viņu radinieku iesaiste VIGDB. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu pacientu gadījumi.

Informācija ievietota 28.06.2019.

Projekta progress:

2019. gada 1. jūlijs – 2019. gada 30 septembris

Projekta ietvaros turpinājās mutantā MYBPC1 proteīna peļu modeļa analīze. Uzsākta izvēlēto muskuļu (ar dažādu funkcionalitāti) audu RNS profila analīze, izmantojot NGS tehnoloģiju, salīdzinot mutantās peles ar kontroles grupu. Turpinās pacientu, kas cieš no pārmantotajām neiromuskulārajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu pacientu gadījumi.

Informācija ievietota 30.09.2019.

Projekta progress:

2019. gada 1. oktobris – 2019. gada 31. decembris

ERAF 097 projekta ietvaros turpinājās mutantā MYBPC1 proteīna peļu modeļa analīze. Dati, iegūtie sadarbībā ar Dr. A. Kontrogianni grupu (Merilendas Universitātes Medicīnas skola), tika prezentēti Amerikas Cilvēka ģenētikas asociācijas konferencē, kas norisinājās oktobrī Hjustonā, ASV. Turpinas izvēlēto muskuļu (ar dažādu funkcionalitāti) audu RNS profila analīze, izmantojot NGS tehnoloģiju, salīdzinot mutantās peles ar kontroles grupu. Turpinās pacientu, kas cieš no pārmantotajām neiromuskulārajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu pacientu gadījumi un tiek lemts par to virzīšanu nākošajā projekta posmā – pilna genoma sekvencēšanā. Pirmiem izveletiem pacientiem tika uzsākta pilna izmēra genomu sekvencēšana. Šobrīd turpinas iegūto datu analīzes algoritma izstrāde.

Informācija ievietota 30.12.2019.

Projekta progress

2020. gada 1. janvāris – 2020. gada 31. marts

ERAF 097 projekta ietvaros turpinājās mutantā MYBPC1 proteīna peļu modeļa analīze. Ir pabeigta dažādu tipu muskuļu audu transkriptomu analīze un tajā rezultātā ir atlasīti vairāki gēni, kas uzradīja statistiski ievērojamu atšķirību ekspresijas līmenī. Tālākajā posmā notiks rezultātu validācija izmantojot citas molekulāras bioloģijas metodes (ddPCR, Q-PCR).

Turpinās pacientu, kas cieš no pārmantotajām neiromuskulārajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu pacientu gadījumi un tiek lemts par to virzīšanu nākošajā projekta posmā – pilna genoma sekvencēšanā. Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi.  Šobrīd turpinās iegūto datu analīzes algoritma izstrāde.

Informācija publicēta 31.03.2020.

Projekta progress:

2020. gada 1. aprīlis – 2020. gada 30. jūnijs

ERAF 097 projekta ietvaros turpinājās mutantā MYBPC1 proteīna peļu modeļa analīze. Sakarā ar COVID-19 epidēmijas izraisīto ārkārtas situāciju, darbs laboratorijā tika pārtraukts martā un atsākts jūnijā. Šobrīd notiek dažāda tipa muskuļu audu transkriptomu analīzes rezultātu validācija, izmantojot citas molekulāras bioloģijas metodes (ddPCR, Q-PCR).

Turpinās pacientu, kas cieš no pārmantotajām neiromuskulārajām slimībām, un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē. Sakarā ar COVID-19 epidēmijas izraisīto ārkārtas situāciju, pacientu iesaiste tika pārtraukta martā un atsākta jūnijā.

Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces (klātienē un attālināti), kur tiek apspriesti konkrētu pacientu gadījumi un tiek lemts par to virzīšanu nākošajā projekta posmā – pilna genoma sekvencēšanā. Šobrīd turpinās iepriekš iegūto datu analīze.

Informācija publicēta 30.06.2020.

Projekta progress:

2020. gada 1. jūlijs – 2020. gada 30. septembris

ERAF 097 projekta ietvaros turpinājās mutantā MYBPC1 proteīna E248K peļu modeļa analīze. Turpinās vairāku gēnu, kas tika atlasīti pēc dažādu tipu muskuļu audu transkriptomu analīzes, ekspresijas validācija izmantojot tādu moderno molekulāras bioloģijas metodi, kā Digital Droplet PCR.

Tika izveidots jauns MYBPC1 proteīna Y247H transgēno peļu modelis, šobrīd dzīvniekiem tiek veikta specifisko patogēnu pārbaude, pēc kuras tie tiks nogādāti Latvijā, kur mēs uzsāksim transgēno peļu kolonijas izveidošanu.

Turpinās pacientu, kas cieš no pārmantotajām neiromuskulārajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu pacientu gadījumi un tiek lemts par to virzīšanu nākamajā projekta posmā – pilna genoma sekvencēšanā. Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem, tika sekvencēti pilna izmēra genomi. Dažiem pacientiem tika uzstādītas precīzas diagnozes, citiem tika atrasti ģenētiskie varianti, kas var izraisīt defektus un kuriem ir nepieciešama papildus analīze. Ka arī, joprojām, turpinās iegūto datu analīzes algoritma izstrāde un uzlabošana.

Informācija publicēta 30.09.2020.

Projekta progress:

2020. gada 1. oktobris – 2020. gada 31. decembris

ERAF 097 projekta ietvaros tika izveidots jauns MYBPC1 proteīna Y247H transgēno peļu modelis, dzīvniekiem tika veikta specifisko patogenu pārbaude un novembra sakumā tie tika nogādāti Latvijā. Šobrīd mēs intensīvi strādājam pie transgēno peļu kolonijas izveidošanas – decembrī piedzima pirmie peļu mazuli.

Turpinās pacientu, kas cieš no pārmantotajām neiromuskulārajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu pacientu gadījumi un tiek lemts par to virzīšanu nākošajā projekta posmā – pilna genoma sekvencēšanā. Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi. Dažiem pacientiem tika uzstādītas precīzas diagnozes, citiem tika atrasti ģenētiskie varianti, kas var izraisīt defektus un kuriem ir nepieciešama papildus analīze. Ka arī joprojām turpinās izstrādāta iegūto datu analīzes algoritma uzlabošana

Informācija publicēta 30.12.2020.

Projekta progress:

2021. gada 1. janvāris – 2021. gada 31. marts

 Atskaites periodā mēs intensīvi strādājam pie jaunas MYBPC1 proteīna Y247H transgēno peļu kolonijas izveidošanas – šobrīd tā sastāv no vairāk ka piecdesmit dzīvniekiem.

Turpinās pacientu, kas cieš no pārmantotajām neiromuskulārajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu pacientu gadījumi un tiek lemts par to virzīšanu nākamajā projekta posmā – pilna genoma sekvencēšanā. Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi. Dažiem pacientiem tika atrasti ģenētiskie varianti, kas var izraisīt defektus un kuriem ir nepieciešama papildus analīze. Ka arī, joprojām, turpinās izstrādāta iegūto datu analīzes algoritma uzlabošana. Paralēli tiek atkārtoti analizēti primārie dati no pacientu iepriekšējiem ģenētiskiem izmeklējumiem (ja tādi ir pieejami) – pilna eksoma vai gēnu paneļu analīzēm. 

Informācija publicēta 31.03.2021.

Projekta progress:

2021. gada 1. aprīlis – 2021. gada 30. jūnijs

Atskaites periodā mēs intensīvi strādājam pie jaunas MYBPC1 proteīna Y247H transgēno peļu kolonijas izveidošanas – šobrīd tā sastāv no vairāk ka astoņdesmit dzīvniekiem.

Turpinās pacientu, kas cieš no pārmantotajām neiromuskulārajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu pacientu gadījumi un tiek lemts par to virzīšanu nākošajā projekta posmā – pilna genoma sekvencēšanā. Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi. Dažiem pacientiem tika atrasti ģenētiskie varianti, kas var izraisīt defektus un kuriem ir nepieciešama papildus analīze. Dažiem pacientiem tika uzstādītas precīzas diagnozes, sagatavoti slēdzieni un ir informēti ārsti un paši pacienti.

Iegūtie tika prezentēti starptautiskas konferences 79th International Scientific Conference of the University of Latvia ietvaros uzstāšanā: B. Lāce et al. “Calpain-3-related limb-girdle muscular dystrophy: complex genetics for a rare disease”.

Informācija publicēta 30.06.2021.

Projekta progress:

2021. gada 1. jūlijs – 2021. gada 30. septembris

Atskaites periodā mēs strādājam pie jaunas MYBPC1 proteīna Y247H transgēno peļu kolonijas izveidošanas un uzturēšanas, ka arī veicam vairākus fenotipiskus testus dažāda vecuma dzīvniekiem – 2, 4 un 8 nedēļu vecumā.

Turpinās pacientu, kas cieš no pārmantotajām neiromuskulārajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu pacientu gadījumi un tiek lemts par to virzīšanu nākošajā projekta posmā – pilna genoma sekvencēšanā. Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi. Dažiem pacientiem tika atrasti ģenētiskie varianti, kas var izraisīt defektus un kuriem ir nepieciešama papildus analīze. Dažiem pacientiem tika uzstādītas precīzas diagnozes, sagatavoti slēdzieni un ir informēti ārsti un paši pacienti. 

Informācija publicēta 30.09.2021.

Projekta progress:

2021. gada 1. oktobris – 2021. gada 31. decembris

Atskaites periodā mēs strādājam pie jaunas MYBPC1 proteīna Y247H transgēno peļu analīzes, kā arī turpinājām kolonijas uzturēšanas (kopējais dzīvnieku skaits sasniedzis 110 gab.). Tika veikti muskuļu spēka (apgriešanās refleksa, apgrieztās karāšanās) testi, kā arī funkcionālie (atklātā lauka, satvēriena spēka, rotējoša stieņa) testi. Tika noteikta svara pieauguma dinamika un tremora noteikšana jaundzimušiem mazuļiem. Kā arī ievākti muskuļu paraugi priekš dažādiem pētījumiem – transkriptoma RNAseq analīzes, elektronmikroskopijas un imunofluorescences analīzēm.

Turpinās pacientu, kas cieš no pārmantotajām neiromuskulārajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē. Indivīdu paraugi nodoti mūsu partnerim MGI Latvia priekš WGS. Veikta iegūto datu analīze, anotēšana un interpretācija, kā arī variantu validācija. Dažiem pacientiem tika atrasti ģenētiskie varianti, kas var izraisīt defektus un kuriem ir nepieciešama papildus analīze. Dažiem pacientiem tika uzstādītas precīzas diagnozes, sagatavoti slēdzieni un ir informēti ārsti un paši pacienti.

Informācija publicēta 30.12.2021.

Projekta progress:

2022. gada 1. janvāris – 2022. gada 31. marts

Atskaites periodā mēs turpinājām strādāt pie jaunas MYBPC1 proteīna Y247H transgēno peļu modeļa analīzes, kā arī turpinājām kolonijas uzturēšanas (kopējais dzīvnieku skaits sasniedzis  240 gab.). Tika ievākti muskuļu paraugi priekš dažādiem pētījumiem – elektronmikroskopijas, imunofluorescences un citām analīzēm. Tika veikta transkriptoma analīze ar RNA sekvencēšanu muskuļu paraugiem no Y247H un kontroles dzīvniekiem.

Noslēdzas pacientu iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē. Kopējais iesaistīto pacientu, kas cieš no pārmantotajām neiromuskulārajām slimībām, un viņu radinieku skaits sasniedzis  99. Papildus, tika iesaistīti ap 400 reto slimību pacientu bez apstiprinātiem  ģenētiskiem faktoriem. Izvelēto indivīdu paraugi nodoti mūsu partnerim MGI Latvia priekš WGS. Veikta iegūto datu analīze, anotēšana un interpretācija, kā arī variantu validācija. Dažiem pacientiem tika atrasti ģenētiskie varianti, kas var izraisīt defektus un kuriem ir nepieciešama papildus analīze. Dažiem pacientiem tika uzstādītas precīzas diagnozes, sagatavoti slēdzieni un ir informēti ārsti un paši pacienti.

Dati par NMS pacientiem Latvijā tika apkopoti publikācijā “Overview of neuromuscular disorder molecular diagnostic experience for the population of Latvia” (B.Lāce et al.), kas ir pieņemta publicēšanai žurnālā Neurology. Genetics. Mūsu iegūtie rezultāti parādīja, ka c.2680C>T p.(Arg894Ter) varianta CLCN1 gēnā izraisītā iedzimtā miotonija varētu būt visbiežākā NMD slimība Latvijā.

Informācija publicēta 31.03.2022.